Sam początek, kiedy dowiadujemy się, że Alex z Prototype zaczyna swoją przygodę od amnezji nieco zniechęca, bo ileż razy można. Na szczęście potem jest już dużo ciekawiej. Dowiadujemy się kim są jego główni sprzymierzeńcy i wrogowie, w jaki sposób nasz protagonista może odzyskać pamięć i o tym, że jest jakaś infekcja. Wodziarze w bonusie zobaczą, jak wyglądałby Nowy Jork we władaniu Tzimisce.
