Prototype niestety nie będzie jednak miało trybu kooperacji. Co prawda niby wiadomo to było już od jakiegoś czasu, ale niektórzy nadal mieli nadzieję, że deweloper zmieni zdanie. W wywiadzie dla 1UP Chris Ansell z Radical Entrtainment stwierdził, iż firma poświęca 100% swoich mocy przerobowych na dopieszczenie trybu dla pojedynczego gracza i nie ma w związku z tym szans, by pojawił się tryb dla wielu graczy. Szkoda. Również raczej możemy się go nie spodziewać później, chociażby w formie DLC. Natomiast całkiem możliwe jest, że doczekamy się dema gry, przed jej wydaniem. W wywiadzie padają też pytania o zmiany, jakie przechodzi nasz protagonista, zarówno w wyglądzie, jak i w mocach.