Chociaż prolog Dishonored 2 odgrywamy jako Emily Kaldwin, zaraz po nim gracz może zmienić bohatera na Corvo Attano. Co ciekawe, wybór ten jest ostateczny na całą rozgrywkę, czym Arkane Studios przekonuje graczy do ukończenia całości dwukrotnie. Uczennica herosa z pierwszej części różni się od swojego mentora umiejętnościami, co ma istotny wpływ na przebieg rozgrywki, przeżyje też nieco inne przygody, ale nie ma tutaj sytuacji, że część lokacji jest dostępna tylko dla jednego z bohaterów.Umiejętności Corvo z grubsza odpowiadają znanym z pierwszej części talentom, a jedyną istotną nowością jest rozbudowana opcja usprawniania broni – mamy zarówno opcje czysto kosmetyczne, jak i modyfikacje wpływające na parametry kuszy, pistoletu czy ostrza. Talenty, jakie posiada młoda cesarzowa są modyfikacją tego, co potrafi jej mentor i zapewniają nieco odmienne wrażenia z rozgrywki. Inaczej działa przykładowo mignięcie, które przypomina teraz bardziej magiczną linę niż teleport. Wzrósł jego zasięg, co pozwala np. wspiąć się wyżej, ale już nie przenieść postać na drugi brzeg ulicy. Jedną z bardziej unikatowych umiejętności Emily jest tak zwane domino, które polega na stworzeniu własnego klona, oznaczeniu przy jego pomocy przeciwników i na przykład popełnieniu nim samobójstwa. Oznaczeni przeciwnicy robią to samo, co gracz.Niezależnie od wyboru bohatera, kolejne misje ponownie rozgrywają się w obszernych hubach, oferujących masę poukrywanych znajdziek i misji pobocznych. Gra ponownie nie jest sandboksem, ale zbiorem zamkniętych lokacji, w obrębie których poruszamy się już bez ograniczenia skryptami.