Dla większych emocji autorzy postanowili, że to Heller będzie protagonistą pragnącym dopaść „złego” Mercera. A dla jeszcze większego dramatu, to właśnie Alex zarazi Jamesa wirusem, zmieniając go w maszynę do zabijania. Od razu zrobiło się ciekawie.
BOHATER-PIONEKChoć w pierwszej chwili pomysł wydaje się niezły, szybko rodzą się wątpliwości, czy to dobra droga. Pozbywanie się Mercera może nie jest aż takim przegięciem, jak zastąpienie Snake’a Raidenem, jednak od początku wiadomo, że nowy bohater zaślepiony żądzą zemsty będzie tylko narzędziem w rękach Alexa. Heller nienawidzi bohatera pierwszej części, bo uważa, że to przez niego wirus zabił jego żonę i dziecko. Gdy udaje mu się zlokalizować Mercera ukrywającego się przed wojskiem, rzuca się na niego, nie zważając na to, że w walce z nim nie ma najmniejszych szans. Oczywiście zostaje pobity. Dlaczego przeżył? Alex musiał uznać, że złość Jamesa będzie mógł wykorzystać do własnych celów, dlatego zamiast go zabić obdarzył go supermocami.
Krótko mówiąc, Prototype 2 będzie opowieścią o zemście i właśnie o to chodziło autorom, by dało się jednym zdaniem podsumować fabułę gry. Według nich historia w pierwszej części była za bardzo skomplikowana, żeby dało się ją szybko streścić. Trudno się z tym zgodzić, do wyjątkowo zakręconych nie należała, a nawet jeśli trochę, to co z tego? Wypada tylko cieszyć się, że nawet wyjątkowo krwawa, miejscami wręcz obrzydliwa gra akcji, oferowała coś więcej niż tylko radosną jatkę. Oby Radical tym razem za bardzo nie upraszczali.
new WP.player({ width:610, height:343, url: 'http://get-2.wpapi.wp.pl/a,61764431,f,thumb/6/9/1/691211691cd5650827aa33b98c699368/fecf4bbe7a15e3253140f65c03820e85/Prototype_2_Tendril_Power_Trailer_HD_YouTube.mov', });Twórcy opowiadają o mackach w grze
Alex podejmie spore ryzyko obdarzając Hellera niemal takimi samymi mocami, jakimi sam włada. Pozostanie odrobinę silniejszy, ale James poćwiczy i pod koniec gry może być zabójczo groźnym przeciwnikiem. Albo do tej pory zdąży zostać kumplem Mercera. Autorzy mówią, że nawet jeśli zakapturzony bohater pierwszej części miałby zginąć, to... nic wielkiego się nie stanie. Prawdziwym bohaterem Prototype nigdy nie był Mercer, tylko wirus, dzięki czemu Radical nie tylko mogą pozwolić sobie na wymyślanie nowych protagonistów kolejnych części, ale nawet tworzenie gier z innych gatunków. Niczego jednak nie zapowiadają, na razie tematem numer jeden jest Prototype 2.