Sami twórcy przyznają, że historia Alexa Mercera była mało interesująca i jeszcze mniej przekonująca. Chłop z jednej strony walczył ze złowrogą organizacją Blackwatch, a z drugiej zabijał setki niewinnych cywili. Już teraz wiemy, że fabuła w drugim Prototypie zaserwuje nieporównywalnie lepsze pod tym względem doznania.
A w Nowym Jorku niezmiennie
Przygoda zacznie się w czternaście miesięcy po wydarzeniach z poprzedniej części gry. W Nowym Jorku (z powodu epidemii przemianowanym na Nowy Jork Zero) w dalszym ciągu trwa regularna wojna. Morderczy wirus Blacklight nadal zaraża mieszkańców metropolii, z czym nieudolnie próbuje poradzić sobie rząd. Sierżant Heller wraca do ogarniętego chaosem miasta w poszukiwaniu swojej żony i córki. Okazuje się, że morderczy wirus nie oszczędził jego rodziny. Załamany śmiercią bliskich mężczyzna postanawia zabić ludzi odpowiedzialnych za wypuszczenia wirusa na świat. A jakby tego było mało, bohater poprzedniej gry odnajduje Hellera, zaraża go wirusem i zmienia w potężnego mutanta. Po tym wydarzeniu sierżant pragnie zamordować Mercera, swego stwórcę i – jak uważa – sprawcę całej tragedii.
Prototype 2 nie będzie się zbytnio różnić od swego pierwowzoru. Tytuł znowu zaoferuje otwarty świat, dużo swobody, tony eksplozji, demolki i flaków. Miasto ponownie zostanie podzielone na trzy obszary, stosownie do poziomu bezpieczeństwa. W strefie czerwonej, jak nietrudno zgadnąć, mają bezwzględnie dominować wszelkiego rodzaju mutanci. W strefie żółtej ma być już trochę lepiej. Natomiast w strefie zielonej będzie panować ład i porządek strzeżony przez najemników Blackwatch.
