By jednak oddać sprawiedliwość Deus Ex: Invisible War, należy zaznaczyć jedną rzecz: o ile w przypadku pierwszej części recenzenci i gracze byli całkiem zgodni i wręcz jednogłośnie piali z zachwytu, tak tu ukształtowały się dwa przeciwstawne obozy. „Jedynka” też nie była nieskazitelna, ale przy zalewie dobrodziejstw, jakie oferowała, można jej było wybaczyć drobne potknięcia. Z sequelem nie poszło już tak łatwo, a by lepiej oddać kompletny obraz produkcji Ion Storm, trzeba po prostu poczuć jej klimat.
Osobiście za formę i ogólną koncepcję na rozgrywkę w Deus Ex: Invisible War winię opracowywanie także wersji na pierwszego Xboksa. Z dużym prawdopodobieństwem to wymogi konsoli wpłynęły na taki a nie inny kształt końcowego produktu, który zraził wielu graczy uproszczeniami, ulepszaniem tego, co było już dobre, a przede wszystkim bardziej umowną swobodą.
Zapytać można, jak fabularnie Invisible War ma się do pierwszego Deus Ex. Okazuje się, że zamiast wskazywać na jedno z trzech zakończeń jako kanoniczne, autorzy pokusili się o swoisty miks każdego z nich. W ten sposób poczynania JC Dentona, niezależnie od wyborów graczy, zostały uznane za właściwe i doprowadziły świat do swego rodzaju zapaści. W czasie około dwudziestu lat od wydarzeń z „jedynki” wytworzyły się różnorodne ugrupowania, każde z własną filozofią, zdeterminowane, by wprowadzić swój własny ład na Ziemi.
World Trade Organization to najsilniejsza z tych organizacji, zaangażowana w odbudowę sytuacji gospodarczo-politycznej w Ameryce, Europie i Azji. Grupa narzucała w pewnym stopniu swoją wizję nowych społeczeństw, ale oferowała też technologię i enklawy niezbędne do przetrwania. The Orders to z kolei ugrupowanie religijne, które w dużej mierze „przejęło” wyznawców innych wierzeń. Przeciwna nanotechnologii i bioulepszeniom organizacja kierowana była przez tajemniczą Jego Świątobliwość. W świecie drugiego Deus Ex działali też Templariusze, będący bezpośrednimi spadkobiercami Zakonu Ubogich Rycerzy Chrystusa i Świątyni Salomona powstałego w XII wieku. Na początku gry zyskali oni olbrzymie fundusze, dzięki którym zaczęli rozbudowywać armię.
