W przeciwieństwie do Microsoftu, japoński koncern Sony po wypuszczeniu na rynek swojej konsoli następnej generacji, nie pogrzebał poprzedniego dziecka. PlayStation 2 ma się bardzo dobrze i choć już niewiele naprawdę pierwszoligowych tytułów pojawi się na tę platformę, to wsparcie programistów jest wciąż duże. Jednym z owoców ich prac będzie Ar tonelico: Melody of Elemia (a właściwie w Europie Ar tonelico), za które odpowiadają aż trzy firmy – Gust jako developer oraz Banpresto i NIS America jako wydawcy. Autorzy Ar tonelico nie są zbyt znani poza granicami Kraju Kwitnącej Wiśni. W zasadzie tylko dwa tytuły (dwie części Alter Iris na PS2), będące klasycznymi jRPGami, przypominającymi gry na SNES, pojawiły się na zachodzie. Jak widać przyszedł odpowiedni moment, aby znów podzielić się swoją twórczością z resztą świata. W USA już na początku lutego, w Europie tradycyjnie jeszcze nie wiadomo kiedy, pojawi się Ar tonelico – jRPG, w którym muzyka nie stanowi jedynie tła.
Czas przenieść się do świata Sol Ciel, w którym życie toczy się na kontynentach dryfujących wśród chmur za sprawą tajemniczych mocy wieży Ar tonelico. Stało się tak, gdyż w bardzo odległych czasach, dwie wojny spustoszyły doszczętnie powierzchnię planety i przemieniły ją w miejsce nie nadające się do zamieszkania. Sol Ciel było przez długi okres spokojnym obszarem, ale ostatnio nasiliły się tam ataki dziwnych sztucznych form życia, zwanych wirusami. Od wieków nad pokojem czuwają magowie skupieni w Legendary Maidens, a także zbrojne ramię tej organizacji - Knights of Elemia. W zamierzchłych czasach pokonali oni zastępy wirusów dzięki mocy tzw. Hymn Crystals oraz Power of Song. Teraz jest to już tylko wspomnienie, jednakże zagrożenie istnieje nadal. Co gorsza, pewnego dnia wrogie siły przebijają się przez obronę rycerzy i zaczynają zagrażać całemu Sol Ciel. I tutaj pojawia się Lyner Barsett – młody rycerz Elemii, którym pokierujemy w grze.
Ponieważ wirusy, które zaatakowały Wieżę Ar Tonelico są odporne na broń konwencjonalną, nasz bohater otrzymuje misję odnalezienia jednego z Hymn Crystals zwanego Purger. Jest to ostatnia nadzieja na odparcie ataku wroga. Jest tylko jeden, ale za to bardzo zasadniczy problem – nie wiadomo dokładnie, gdzie znajduje się ów artefakt. Jednak Lyner nie jest w ciemię bity i bohatersko podejmuje się tego trudnego zadania. Wyrusza na inny dryfujący kontynent - Lower World – gdzie rozpocznie swoją misję.